農會設有會員代表大會為最高權力機構,由45 名會員代表組織,另有農事小組27 組,理事會置理事9 名,監事會置監事3 名。業務執行單位有總幹事室、會務部、會計部、企劃稽核部、信用部、資訊部、供銷部、推廣部、保險部、農特產品展售中心、萬興辦事處、原斗辦事處、挖仔辦事處、中山分部、農產加工廠、休閒旅遊部(台灣酒窖聯合遊客服務中心)等,人員編制共98 名。